consensusOV

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusOV

这是发展consensusOV版本;稳定版请参见consensusOV．

基于基因表达的高级别浆液性卵巢癌亚型分类

Bioconductor版本:开发(3.17)

该包实现了Helland等人(PLoS One, 2011)、Bentink等人(PLoS One, 2012)、Verhaak等人(J clinin Invest, 2013)和Konecny等人(J Natl cancer Inst, 2014)所描述的高级别浆液性(HGS)卵巢癌的四个主要亚型分类器。此外，该软件包实现了一个共识分类器，它巩固和改进了所提出的亚型分类器的稳健性，从而为明确界定亚型的HGS卵巢肿瘤患者提供可靠的分层。

作者:Gregory M Chen, Lavanya Kannan, Ludwig Geistlinger, Victor Kofia, Levi Waldron, Benjamin habe- kains

维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。Kains at utoronto.ca>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("consensusOV")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“consensusOV”)

超文本标记语言	R脚本	卵巢癌的分子分型
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，微阵列，软件，转录组
版本	1.21.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6)
进口	Biobase，GSVA，gdata，genefu，limma，matrixStats，randomForest，统计，utils，方法
链接
建议	BiocStyle，ggplot2，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.pmgenomics.ca/bhklab/software/consensusOV
BugReports	https://github.com/bhklab/consensusOV/issues
全靠我
进口我	signifinder
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	consensusOV_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	consensusOV_1.21.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	consensusOV_1.21.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	consensusOV_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusOV
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/consensusOV
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/consensusOV/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/consensusOV/
软件包下载报告	下载数据