consensusDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusDE

这是发展consensusDE版本;稳定的发布版本请参见consensusDE。

使用多种算法的rna序列分析

生物导体版本:开发(3.13)

这个包允许用户使用多种算法执行DE分析。它通过多种方法寻求共识。目前它支持“vooom”，“EdgeR”和“DESeq”。它使用RUV-seq(可选)来移除不必要的变异源。

作者:Ashley J. Waardenberg, Martha M. Cooper

维护者:Ashley J. Waardenberg

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("consensusDE")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“consensusDE”)

超文本标记语言	R脚本	consensusDE
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,MultipleComparison,测序,软件,转录组
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),BiocGenerics
进口	气道,AnnotationDbi,BiocParallel,Biobase,Biostrings,data.table,dendextend,DESeq2(> = 1.20.0),EDASeq,ensembldb,刨边机,EnsDb.Hsapiens.v86,GenomicAlignments,GenomicFeatures,limma,org.Hs.eg.db,pcaMethods,RColorBrewer,Rsamtools,RUVSeq,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	consensusDE_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	consensusDE_1.9.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	consensusDE_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusDE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ consensusDE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/consensusDE/
包下载报告	下载数据