consICA

DOI:10.18129 / B9.bioc.consICA

这是发展conica版本;稳定版请参见consICA．

共识独立成分分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

conica实现了一种数据驱动的反褶积方法——共识独立成分分析(ICA)来分解异构组学数据，并提取适合患者诊断和预后的特征。该方法将生物学上相关的转录信号从技术效应中分离出来，并提供有关细胞组成和生物过程的信息。软件包中并行计算的实现确保了现代多核系统的高效分析。

作者:Petr V. Nazarov [aut, cre]——托尼·考马，玛丽娜·切佩洛娃[au]

维护者:Petr V. Nazarov < Petr。纳扎罗夫在lih.lu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" conica ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“consICA”)

超文本标记语言	R脚本	conica包:用户手册
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，FeatureExtraction，RNASeq，测序，软件，StatisticalMethod，技术，转录组
版本	1.1.0
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	fastICA(> = 1.2.1),sm，org.Hs.eg.db，GO.db统计数据,SummarizedExperiment，BiocParallel，图、方法、pheatmap，生存，topGO，图形，grDevices
链接
建议	knitr，BiocStyle，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/biomod-lih/consICA/issues
全靠我
进口我
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链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	consICA_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	consICA_1.1.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	consICA_1.1.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	consICA_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consICA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/consICA
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/consICA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/consICA/
软件包下载报告	下载数据