conclus

DOI:10.18129 / B9.bioc.conclus

这是发展conclus版本;稳定的发布版本,请参阅conclus。

ScRNA-seq工作流CONCLUS——从共识集群有意义的结论

Bioconductor版本:发展(3.16)

CONCLUS是健壮的集群和积极的标记特性的工具选择单细胞RNA-seq (sc-RNA-seq)数据集。它利用一个共识聚类的方法,大大简化sc-RNA-seq为用户数据分析。值得注意的是,CONCLUS不包括测序文件的预处理步骤后得到下一代测序。CONCLUS分为以下步骤:一代的多个t-SNE情节与一系列参数,包括从主成分分析提取的基因的不同选择。使用Density-based空间聚类的应用程序与噪声(DBSCAN)摘要算法每个生成的簇t-SNE阴谋。所有DBSCAN结果组合成一个细胞相似矩阵。细胞相似矩阵用于定义“共识”集群横渡前面定义的集群解决方案的守恒。识别标记基因为每个集群存在共识。

作者:Ilyess Rachedi (cre),尼古拉斯Descostes (aut),波琳娜Pavlovich (aut),克利斯朵夫Lancrin (aut)

维护人员:Ilyess Rachedi < Rachedi。在gmail.com ilyess >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“conclus”)

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PDF	R脚本	conclus
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细节

biocViews	ATACSeq,分类,聚类,测序,SingleCell,软件,技术
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,dbscan,fpc,factoextra,Biobase,BiocFileCache平行,doParallel,foreach,SummarizedExperiment,biomaRt,AnnotationDbi、方法、dplyr,食物,嘘,pheatmap,ggplot2,gridExtra,SingleCellExperiment,统计,跑龙套,尺度grDevices图形,Rtsne,GEOquery,clusterProfiler,stringr、工具、rlang
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,S4Vectors,matrixStats,dynamicTreeCut,testthat
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包档案

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源包	conclus_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	conclus_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	conclus_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/conclus
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ conclus
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/conclus/
包下载报告	下载数据