compartmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.compartmap

这是发展隔间地图版本;稳定版请参见compartmap．

来自scRNA-seq和scATAC-seq的单细胞高阶染色质域推断

Bioconductor版本:开发(3.16)

Compartmap从scRNA-seq和scATAC-seq直接推断高阶染色质。这个包实现了一个James-Stein估计器，用于计算单细胞水平的高阶染色质域。此外，我们利用随机矩阵理论作为去噪相关矩阵的方法，以实现在Hi-C和scHi-C数据中观察到的类似“格纹”模式。

作者:Benjamin Johnson [aut, cre]， Tim Triche [aut]， Hui Shen [aut]， Kasper Hansen [aut]， Jean-Philippe Fortin [aut]

维护者:Benjamin Johnson

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("compartmap")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“compartmap”)

超文本标记语言	R脚本	用区室图进行高阶染色质推断
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，表观遗传学，遗传学，RNASeq，SingleCell，软件
版本	1.15.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)，SummarizedExperiment，RaggedExperiment，BiocSingular，HDF5Array
进口	GenomicRanges，平行，网格，ggplot2，reshape2，尺度，DelayedArray，rtracklayer，DelayedMatrixStats，矩阵，RMTstat
链接
建议	covr，testthat，knitr，Rcpp，rmarkdown，减价
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/biobenkj/compartmap
BugReports	https://github.com/biobenkj/compartmap/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	compartmap_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	compartmap_1.15.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	compartmap_1.15.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compartmap
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/compartmap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/compartmap/
软件包下载报告	下载数据