compEpiTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.compEpiTools

这是发展compEpiTools版本;稳定版请参见compEpiTools．

计算表观基因组学的工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

用于计算表观基因组学的工具，用于多个样本中多个基因组区域的各种(epi)基因组数据类型的分析、集成和同时可视化。

作者:Mattia Pelizzola [aut]， Kamal Kishore [aut, cre]

维护者:Kamal Kishore < Kamal。Fartiyal84在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("compEpiTools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“compEpiTools”)

PDF	R脚本	compEpiTools.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，GeneExpression，GenomeAnnotation，测序，软件，可视化
版本	1.33.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(八年)
许可证	GPL
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，topGO，GenomicRanges
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，Biostrings，Rsamtools， parallel, grDevices，gplots，IRanges，GenomicFeatures，XVector，methylPipe，GO.db，S4Vectors，GenomeInfoDb
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，org.Mm.eg.db，knitr，rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	compEpiTools_1.33.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compEpiTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/compEpiTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/compEpiTools/
软件包下载报告	下载数据