comapr

DOI:10.18129 / B9.bioc.comapr

这是发展comapr版本;稳定版请参见comapr．

交叉分析和遗传图谱构建

Bioconductor版本:开发(3.17)

comapr从单个配子的单倍型状态序列中检测交叉间隔，并将交叉存储在GRanges对象中。然后，遗传距离可以通过使用估计的制造商间隔交叉率的映射函数来计算。实现了绘制基于间隔的遗传图谱或累积遗传距离的可视化功能，有助于揭示跨基因组和跨个体的交叉景观的变化。

作者:吕汝谦[aut, cre]

维护者:吕汝倩

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("comapr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“comapr”)

超文本标记语言	R脚本	Get-Started-With-comapr
超文本标记语言	R脚本	single-sperm-co-analysis
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学，SingleCell，软件，可视化
版本	1.3.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	方法,ggplot2，reshape2，dplyr，gridExtra，情节，circlize，rlang，GenomicRanges，IRanges，foreach，BiocParallel，GenomeInfoDb，尺度，RColorBrewer，tidyr，S4Vectors跑龙套,矩阵，网格，统计，SummarizedExperiment，plyr，Gviz
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat(> =魅惑,statmod
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	comapr_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	comapr_1.3.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	comapr_1.3.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	comapr_1.3.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/comapr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/comapr
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/comapr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/comapr/
软件包下载报告	下载数据