可乐

DOI:10.18129 / B9.bioc.cola

这是发展版的可乐;稳定的发布版本,请参阅可乐。

一个共识分区的框架

Bioconductor版本:发展(3.16)

子群分类是基因组数据分析的基本任务,尤其是对基因表达和DNA甲基化数据分析。它也可以被用来测试已知的临床协议注释,或测试是否存在重大的批处理影响。可乐包提供了一个通用框架群分类一致通过分区。它具有以下特点:1。它模块化共识分区过程,各种方法可以轻松集成。2。它提供了丰富的可视化解释结果。3所示。它允许同时运行多个方法,并提供功能简单的比较结果。4所示。 It provides a new method to extract features which are more efficient to separate subgroups. 5. It automatically generates detailed reports for the complete analysis. 6. It allows applying consensus partitioning in a hierarchical manner.

作者:Zuguang顾

维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“可乐”)

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文档

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文本		许可证

细节

biocViews	分类,聚类,GeneExpression,软件
版本	tripwire
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	grDevices、图形、网格数据,跑龙套,ComplexHeatmap2.5.4 (> =)matrixStats,GetoptLong,circlize(> = 0.4.7),GlobalOptions(> = 0.1.0),线索平行,RColorBrewer,集群,skmeans,png,mclust,蜡笔、方法、xml2,微基准测试,httr,knitr,减价,消化,嫁祸于,酿造,Rcpp(> = 0.11.0)它,BiocGenerics,eulerr,foreach,doParallel,irlba
链接	Rcpp
建议	genefilter,mvtnorm,testthat(> = 0.3),samr,pamr,kohonen,NMF,WGCNA,Rtsne,umap,clusterProfiler,ReactomePA,剂量,AnnotationDbi,gplotshu6800.db,BiocManager,data.tree,dendextend,彩色,rmarkdown,simplifyEnrichment,cowplot,flexclust,randomForest,e1071
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/colahttps://jokergoo.github.io/cola_collection/
取决于我
进口我
建议我	InteractiveComplexHeatmap,simplifyEnrichment
我的链接
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包档案

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源包	cola_2.3.0.tar.gz
Windows二进制	cola_2.3.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	cola_2.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cola
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/可乐
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cola/
包下载报告	下载数据