cogena

DOI:10.18129 / B9.bioc.cogena

这是发展cogena的版本;稳定版请参见cogena．

共表达基因集富集分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

Cogena是共表达基因集富集分析的工作流程。它旨在发现规模较小，但高度相关的细胞事件，这些事件可能具有重大的生物学相关性。提出了一种新的基于cogena工作流的药物发现和药物重定位管道。特别是可以根据疾病相关数据的基因表达预测候选药物，或者根据药物相关数据的基因表达确定其他类似药物。此外，通过相关通路分析可以揭示药物的作用方式。总之，cogena是一种灵活的工作流程，用于共表达基因的各种基因集富集分析，重点是通路/GO分析和药物重定位。

作者:贾志龙[aut, cre]， Michael Barnes [aut]

维护者:Zhilong Jia

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cogena")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cogena”)

PDF	R脚本	cogena的工作流程
超文本标记语言	R脚本	Cogena，一个用于共表达基因的基因集富集分析的工作流程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataImport，DataRepresentation，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，KEGG，微阵列，通路，测序，软件，SystemsBiology，可视化
版本	1.33.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.6)，集群，ggplot2，kohonen
进口	方法,类，gplots，mclust，北极监测和评估方案，apcluster，foreach平行,doParallel，fastcluster，corrplot，biwt，Biobase，reshape2，stringr，宠物猫，tidyr，dplyr，devtools
链接
建议	knitr，rmarkdown(> = 2.1)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zhilongjia/cogena
BugReports	https://github.com/zhilongjia/cogena/issues
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进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cogena_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	cogena_1.33.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	cogena_1.33.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cogena_1.33.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogena
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cogena
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cogena/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cogena/
软件包下载报告	下载数据