coexnet

DOI:10.18129 / B9.bioc.coexnet

这是发展coexnet版本;稳定版请参见coexnet．

coexnet:一个用微阵列数据构建CO-EXpression网络的R包

Bioconductor版本:开发(3.14)

从GEO数据集中提取基因表达矩阵。CEL文件)作为AffyBatch对象。另外，可以使用两种不同的方法(vsn和rma)使归一化过程。总结(从多个探针传递到一个基因)使用两个不同的标准(样本表达数据的最大值和中位数)和基因差异表达分析的过程使用两种方法(sam和acde)。共表达网络的构建可以使用两种不同的方法，皮尔逊相关系数(PCC)或互信息(MI)，并使用图论方法选择阈值。

作者:Juan David Henao [aut,cre]， Liliana Lopez-Kleine [aut]， Andres Pinzon-Velasco [aut]

维护者:Juan David Henao

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("coexnet")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“coexnet”)

PDF	R脚本	标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，微阵列，网络，NetworkInference，归一化，软件，SystemsBiology
版本	1.15.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.6)
进口	affy，siggenes，GEOquery，vsn，igraph，acde，Biobase，limma，图形，统计，utils，STRINGdb，SummarizedExperiment，minet，rmarkdown
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	coexnet_1.15.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	coexnet_1.15.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coexnet
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/coexnet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/coexnet/
软件包下载报告	下载数据