警戒线

DOI:10.18129 / B9.bioc.coRdon

这是发展coRdon版本;稳定版请参见警戒线．

密码子使用分析与基因表达性预测

Bioconductor版本:开发(3.17)

用于分析各种未注释或KEGG/COG注释DNA序列中密码子使用的工具。计算CU偏置的不同度量和基于CU的基因表达性预测因子，并对注释序列进行基因集富集分析。实现了几种CU和富集分析结果的可视化方法。

作者:Anamaria Elek [cre, aut]， Maja Kuzman [aut]， Kristian Vlahovicek [aut]

维护者:Anamaria Elek

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("coRdon")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“警戒线”)

超文本标记语言	R脚本	警戒线
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，GeneExpression，GenePrediction，GeneSetEnrichment，遗传学CellBiology，ImmunoOncology，KEGG，宏基因组，通路，软件，可视化
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)
进口	方法，统计，效用，Biostrings，Biobase，dplyr，stringr，purrr，ggplot2，data.table
链接
建议	BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BioinfoHR/coRdon
BugReports	https://github.com/BioinfoHR/coRdon/issues
全靠我
进口我	vhcub
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	coRdon_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	coRdon_1.17.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	coRdon_1.17.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	coRdon_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coRdon
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/coRdon
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/coRdon/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/coRdon/
软件包下载报告	下载数据