彗星

DOI:10.18129 / B9.bioc.coMET

这是发展彗星的版本;稳定的发布版本,请参阅彗星。

彗星:可视化区域epigenome-wide协会扫描(ewa)结果和DNA co-methylation模式

Bioconductor版本:发展(3.17)

ewa结果的可视化的基因组区域。除了phenotype-association假定值,彗星还生成块co-methylation模式,并提供一系列的注释。它可以用于其他omic-wide协会扫描经度:g的数据可以被翻译为任何物种基因组水平和。

作者:Tiphaine c·马丁(aut (cre),托马斯·哈德曼(aut) Idil (aut), Pei-Chien蔡(aut) Jordana t·贝尔(aut)

维护人员:Tiphaine马丁< Tiphaine。马丁在mssm.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“彗星”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“彗星”)

PDF	R脚本	彗星的用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeq,DNAMethylation,DNASeq,DifferentialMethylation,ExomeSeq,FunctionalGenomics,遗传学,GenomeWideAssociation,MethylSeq,MethylationArray,微阵列,MotifAnnotation,RNASeq,RiboSeq,测序,软件,可视化
版本	1.31.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 4.1.0)、网格跑龙套,biomaRt,Gviz,心理
进口	哈希grDevices,gridExtra,rtracklayer,IRanges,S4Vectors,GenomicRanges统计数据,corrplot
链接
建议	BiocStyle,knitr,RUnit,BiocGenerics,showtext
SystemRequirements
增强了
URL	http://epigen.kcl.ac.uk/comet
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	coMET_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	coMET_1.31.0.zip
macOS二进制(x86_64)	coMET_1.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMET
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/彗星
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/coMET/
包下载报告	下载数据