cmapR

DOI:10.18129 / B9.bioc.cmapR

这是发展cmapR版本;稳定版请参见cmapR．

R中的CMap工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

连接图(CMap)是由Broad研究所的研究人员建立的扰动基因表达谱的海量资源，由NIH集成基于网络的细胞特征库(LINCS)计划资助。请访问https://clue.io了解更多信息。cmapR包实现了解析、操作和编写常见CMap数据对象的方法，例如带注释的矩阵和基因集的集合。

作者:Ted Natoli [aut, cre]

维护者:Ted Natoli < Ted .e。Natoli在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cmapR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cmapR”)

超文本标记语言	R脚本	cmapR教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，软件
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(3年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	方法,rhdf5，data.table，flowCore，SummarizedExperiment，matrixStats
链接
建议	knitr，testthat，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cmap/cmapR
BugReports	https://github.com/cmap/cmapR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cmapR_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	cmapR_1.11.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cmapR_1.11.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cmapR_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cmapR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cmapR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cmapR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cmapR/
软件包下载报告	下载数据