clusterProfiler

doi：10.18129/b9.bioc.clusterProfiler

这是发展clusterProfiler的版本；对于稳定版本，请参阅clusterProfiler。

通用富集工具，用于解释OMIC数据

生物导体版本：开发（3.16）

该软件包支持数千种具有最新基因注释的物种的编码和非编码基因组数据的功能特性。它为来自多种来源的基因功能注释提供了一个Univeral界面，因此可以应用于不同的情况。它提供了一个整洁的接口，以访问，操纵和可视化富集结果，以帮助用户实现有效的数据解释。从多种处理和时间点获得的数据集可以在一次运行中进行分析和比较，易于揭示不同条件之间的功能共识和差异。

作者：广琴Yu [AUT，CRE，CPH]，Li-Gen Wang [CTB]，Erqiang Hu [CTB]，Xiao Luo [CTB]，Meijun Chen [CTB]，Giovanni Dall'olio [CTB]，Wanqian Wei [CTB]

维护者：gmail.com> guangchuang yu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ clusterProfiler”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ clusterProfiler”）

html	R脚本	基因和基因簇功能曲线的统计分析和可视化
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，聚类，，，，去，，，，基因烯，，，，kegg，，，，多重组合，，，，途径，，，，Reactome，，，，软件，，，，可视化
版本	4.5.1
在生物导体中	Bioc 2.8（R-2.13）（11。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.5.0）
进口	AnnotationDbi，，，，下载器，，，，剂量（> = 3.13.1），dplyr，，，，富集（> = 1.9.3），go.db，，，，Gosemsim，，，，格森，，，，马格里特， 方法，plyr，，，，QVALUE，，，，rlang，统计花花公子，utils，Yulab.utils
链接
建议	AnnotationHub，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，org.hs.eg.db，，，，Prettydoc，，，，Reactomepa，，，，测试
系统要求
增强
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/(Docs）https://doi.org/10.1016/j.xinn.2021.100141(Paper）
BugReports	https://github.com/guangchuangyu/clusterprofiler/issues
取决于我	Maendtoend
进口我	生物加工者，，，，Cemitool，，，，CETF，，，，结论，，，，碎片器，，，，EEGC，，，，富集，，，，Epicompare，，，，esatac，，，，Exphuntersuite，，，，Famat，，，，FCOEX，，，，gdcrnatools，，，，Irisfgm，，，，Mageckflute，，，，甲基，，，，微生物组合器，，，，mirsponger，，，，MOONLIGHTR，，，，多方，，，，Netboxr，，，，Panomir，，，，PFP，，，，皮革，，，，recountworkflow，，，，rnaseqr，，，，SignaturesEarch，，，，tcgabiolinksgui，，，，tcgaworkflow，，，，Timirgen
建议我	Chipseeker，，，，可乐，，，，达帕尔，，，，剂量，，，，富集，，，，Epihet，，，，Epimix，，，，遗传，，，，GenomicSupersignature，，，，Gosemsim，，，，格兰妮，，，，Gseaming，，，，Meskit，，，，org.mxanthus.db，，，，Paxtoolsr，，，，Reactomepa，，，，rrvgo，，，，SCGPS，，，，简化，，，，tcgabiolinks，，，，tidybulk
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	clusterProfiler_4.5.1.tar.gz
Windows二进制	clusterProfiler_4.5.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	clusterProfiler_4.5.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterprofiler
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/clusterProfiler
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/clusterprofiler/
软件包下载报告	下载统计