clusterExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterExperiment

这是发展clusterExperiment版本;稳定的发布版本请参见clusterExperiment。

单细胞测序的聚类比较

生物导体版本:开发(3.14)

提供运行和比较许多不同的单细胞测序数据集群或其他大型mRNA表达数据集的功能。

作者:Elizabeth Purdom [aut, cre, cph]， Davide Risso [aut]

维持者:Elizabeth Purdom

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel')

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“clusterExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	clusterExperiment装饰图案
超文本标记语言	R脚本	使用大数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,RNASeq,测序,SingleCell,软件
版本	2.13.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0),SingleCellExperiment,SummarizedExperiment(> = 1.15.4),BiocGenerics
进口	方法,NMF,RColorBrewer,猿(> = 5.0),集群统计数据,limma,多少,locfdr,matrixStats、图形、平行,BiocSingular,kernlab,stringr,S4VectorsgrDevices,DelayedArray(> = 0.7.48),HDF5Array(> = 1.7.10),矩阵,Rcpp,刨边机,尺度,zinbwave,phylobase,pracma,mbkmeans
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,testthat,桅杆,Rtsne,食物,igraph
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/epurdom/clusterExperiment/issues
取决于我	netSmooth
进口我	netDx
建议我	弹弓,tradeSeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	clusterExperiment_2.13.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clusterExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clusterExperiment/
包下载报告	下载数据