clustComp

DOI:10.18129 / B9.bioc.clustComp

这是发展clustComp版本;稳定的发布版本,请参阅clustComp。

聚类比较包

Bioconductor版本:发展(3.17)

clustComp包实现几个比较和可视化的技术不同的聚类结果之间的关系,平面与平面或层次而平坦。这些使用加权bi-graph集群之间的关系显示,节点代表的集群的节点和边缘连接对非空的十字路口;每条边的重量是元素的数量在这个十字路口,通过边缘厚度显示。的最佳布局bi-graph提供的重心算法,最小化加权的口岸。在分层和无等级聚类相比,系统树图是修剪放在不同的高度,选择通过探索树深度优先搜索,从根开始。分支机构决定分割根据得分函数的值,可以的美学bi-graph或基于层次之间的互信息和平坦的集群。之间的映射组各集群采用贪婪算法,并且可以另外形象化。

作者:极光多浪迪警官,艾尔维Brazma。

维护人员:极光多浪迪警官<极光在ebi.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“clustComp”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“clustComp”)

PDF	R脚本	clustComp包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,软件,可视化
版本	1.27.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3)
进口	sm、统计数据、图形,grDevices
链接
建议	Biobase,colonCA,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	clustComp_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	clustComp_1.27.0.zip
macOS二进制(x86_64)	clustComp_1.27.0.tgz
macOS二进制(arm64)	clustComp_1.27.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clustComp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clustComp
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/clustComp/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clustComp/
包下载报告	下载数据