cliqueMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.cliqueMS

这是发展小团体的版本;稳定版请参见cliqueMS．

源内LC/MS代谢组学数据的同位素、加合物和碎片加合物注释

Bioconductor版本:开发(3.17)

注释来自液相色谱耦合质谱(LC/MS)代谢组学实验的数据。CliqueMS基于一种网络算法(O.Senan, a.a Aguilar- Mogas, M. Navarro, O. Yanes, R.Guimerà和m.s ales- pardo, Bioinformatics, 35(20)， 2019)构建了一个加权相似度网络，其中节点是特征，边缘根据特征的相似度进行加权。然后搜索最合理的相似性网络划分为派系(完全连接的组件)。最后对每个派系内的代谢物进行标注，得到每个标注的代谢物的中性质量及其特征，对应于该代谢物的同位素、电离加合物和碎片加合物。

作者:Oriol Senan Campos [aut, cre]， Antoni Aguilar-Mogas [aut]， Jordi Capellades [aut]， Miriam Navarro [aut]， Oscar Yanes [aut]， Roger Guimera [aut]， Marta ales- pardo [aut]

维护者:Oriol Senan Campos < Oriol。Senan在praenoscere.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cliqueMS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cliqueMS”)

超文本标记语言	R脚本	用cliqueMS注释LC/MS数据
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文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry，代谢组学，网络，NetworkInference，软件
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	Rcpp(> = 0.12.15),xcms(> = 3.0.0),MSnbase，igraph，qlcMatrix，matrixStats、方法
链接	Rcpp，黑洞，RcppArmadillo
建议	knitr，rmarkdown，testthat，相机
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	http://cliquems.seeslab.net
BugReports	https://github.com/osenan/cliqueMS/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cliqueMS_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	cliqueMS_1.13.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cliqueMS_1.13.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cliqueMS_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cliqueMS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cliqueMS
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cliqueMS/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cliqueMS/
软件包下载报告	下载数据