限幅器

DOI:10.18129 / B9.bioc.clipper

这是发展版本的加密;稳定的发布版本请参见限幅器。

利用通路拓扑的基因集分析

生物导体版本:开发(3.13)

使用两步经验方法实现拓扑基因集分析。它利用图分解理论创建一个连接树，重建最相关的信号路径。在第一步中，clipper根据路径拓扑图的均值和浓度矩阵的统计检验来选择显著路径。然后，它“剪辑”整个通路，识别与特定表型有最大关联的信号通路。

作者:Paolo Martini < Paolo。在gmail.com cavei >,Gabriele Sales , Chiara Romualdi

维护者:Paolo Martini < Paolo。在gmail.com cavei >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("clipper")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“快船”)

PDF	R脚本	限幅器
PDF		参考手册

细节

biocViews	软件
版本	1.31.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 2.15.0),矩阵,图
进口	方法,Biobase,Rcpp,igraph,gRbase(> = 1.6.6),qpgraph,KEGGgraph,corpcor,RBGL
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,石墨,所有,hgu95av2.db,质量,BiocStyle
SystemRequirements
增强了	RCy3
URL
取决于我
进口我
建议我	石墨
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	clipper_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	clipper_1.31.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	clipper_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clipper
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/限幅器
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clipper/
包下载报告	下载数据