西塞罗

DOI:10.18129 / B9.bioc.cicero

这是发展西塞罗的版本;稳定的发布版本,请参阅西塞罗。

预测cis-co-accessibility从单细胞染色质易访问性数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

西塞罗计算假定的顺式地图从单细胞染色质易访问性数据。它还扩展了单片眼镜2用于染色质易访问性数据。

作者:汉娜多义线(aut (cre),科尔杰尔(aut)

维护人员:汉娜多义线< hpliner uw.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(西塞罗)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ATACSeq,CellBasedAssays,聚类,表观遗传学,GeneRegulation,GeneTarget,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.5.0),单片眼镜,Gviz(> = 1.22.3)
进口	为了(> = 0.2.0),Biobase(> = 2.37.2),BiocGenerics(> = 0.23.0),data.table(> = 1.10.4),dplyr(> = 0.7.4),模糊神经网络(> = 1.1),GenomicRanges(> = 1.30.3),ggplot2(> = 2.2.1),glassogrDevices (> = 1.8),igraph(> = 1.1.0),IRanges(> = 2.10.5),矩阵-12年(> = 1.2),方法,平行,plyr(> = 1.8.4),reshape2(> = 3),S4Vectors(> = 0.14.7),统计数据,stringi,stringr(> = 1.2.0),宠物猫(> = 1.4.2),tidyr,VGAM(> = 1.0 5),跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi(> = 1.38.2),knitr,减价,rmarkdown,rtracklayer(> = 1.36.6),testthat,vdiffr(> = 0.2.3),covr
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

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源包
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cicero
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/西塞罗
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cicero/
包下载报告	下载数据