chromstaR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromstaR

这是发展chromstaR版本;稳定版请参见chromstaR．

ChIP-Seq数据的组合和差异染色质状态分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包实现了ChIP-seq数据的组合和差分分析功能。它包括单一和多元峰值调用、导出到基因组浏览器可视文件以及用于丰富分析的函数。

作者:Aaron Taudt, Maria Colome Tatche, Matthias Heinig, Minh Anh Nguyen

维护者:Aaron Taudt < Aaron。Taudt在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("chromstaR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“chromstaR”)

PDF	R脚本	chromstaR用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，ChIPSeq，DifferentialPeakCalling，HiddenMarkovModel，HistoneModification，ImmunoOncology，MultipleComparison，PeakDetection，测序，软件
版本	1.25.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，ggplot2，chromstaRData
进口	方法，utils, grDevices，图形，统计，foreach，doParallel，BiocGenerics(> = 0.31.6),S4Vectors，GenomeInfoDb，IRanges，reshape2，Rsamtools，GenomicAlignments，bamsignals，mvtnorm
链接
建议	knitr，BiocStyle，testthat，biomaRt
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ataudt/chromstaR
BugReports	https://github.com/ataudt/chromstaR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	chromstaR_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	chromstaR_1.25.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	chromstaR_1.25.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	chromstaR_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromstaR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chromstaR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/chromstaR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromstaR/
软件包下载报告	下载数据