chipseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipseq

这是发展chipseq的版本;稳定版请参见chipseq．

chipseq:用于分析chipseq数据的包

Bioconductor版本:开发(3.17)

帮助处理chipseq实验的短读取数据的工具

作者:Deepayan Sarkar, Robert Gentleman, Michael Lawrence，姚紫珍

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("chipseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“chipseq”)

PDF	R脚本	一个样本ChIP-Seq分析工作流
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，报道，DataImport，质量控制，测序，软件
版本	1.49.0
在Bioconductor	BioC 2.5 (R-2.10)(13年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),ShortRead
进口	方法、统计数据晶格，BiocGenerics，IRanges，GenomicRanges，ShortRead
链接
建议	BSgenome，GenomicFeatures，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	ChIPQC，文案，HTSeqGenie，soGGi，transcriptR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	chipseq_1.49.0.tar.gz
Windows二进制	chipseq_1.49.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	chipseq_1.49.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	chipseq_1.49.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseq
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chipseq
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/chipseq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chipseq/
软件包下载报告	下载数据