chipseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipseq

这是发展chipseq的版本;稳定版请参见chipseq

chipseq:用于分析chipseq数据的包

Bioconductor版本:开发(3.17)

帮助处理chipseq实验的短读取数据的工具

作者:Deepayan Sarkar, Robert Gentleman, Michael Lawrence,姚紫珍

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“chipseq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("chipseq")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“chipseq”)

PDF R脚本 一个样本ChIP-Seq分析工作流
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq报道DataImport质量控制测序软件
版本 1.49.0
在Bioconductor BioC 2.5 (R-2.10)(13年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.5.0),方法,BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),ShortRead
进口 方法、统计数据晶格BiocGenericsIRangesGenomicRangesShortRead
链接
建议 BSgenomeGenomicFeaturesTxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 ChIPQC文案HTSeqGeniesoGGitranscriptR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 chipseq_1.49.0.tar.gz
Windows二进制 chipseq_1.49.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) chipseq_1.49.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) chipseq_1.49.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseq
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chipseq
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/chipseq/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/chipseq/
软件包下载报告 下载数据

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支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网