cfDNAPro

DOI:10.18129 / B9.bioc.cfDNAPro

这是发展cfDNAPro版本;稳定版请参见cfDNAPro．

cfDNAPro从游离细胞DNA的全基因组测序数据中提取和可视化生物学特征

Bioconductor版本:开发(3.17)

cfDNA片段具有构建癌症样本分类ML模型的重要特征，如片段大小、片段末端基序等。以策划的、标准化的、可扩展的、记录良好的和可重复的方式分析和可视化片段大小指标以及其他生物特征可能需要大量时间。该软件包旨在解决这些问题并简化流程。它提供了两组cfDNA特征描述和可视化功能。

作者:王海超[aut, cre]，赵辉[ctb]， Elkie Chan [ctb]， Christopher Smith [ctb]， Tomer Kaplan [ctb]， Florian Markowetz [ctb]， Nitzan Rosenfeld [ctb]

维护者:王海超

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cfDNAPro")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cfDNAPro”)

超文本标记语言	R脚本	cfDNAPro教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	测序，软件，可视化，WholeGenome
版本	1.5.4
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)，magrittr(> = 1.5.0)
进口	宠物猫，GenomicAlignments，IRanges，plyranges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，BiocGenerics，统计，utils，dplyr(> = 0.8.3),stringr(> = 1.4.0),quantmod(> = 0.4),ggplot2(> = 3.2.1),Rsamtools(> =测试盒框),rlang(> = 0.4.0)
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，尺度，ggpubr，knitr(> = 1.23),rmarkdown(> = 1.14),devtools(> = tripwire),BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hw538/cfDNAPro
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cfDNAPro_1.5.4.tar.gz
Windows二进制	cfDNAPro_1.5.4.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cfDNAPro_1.5.4.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cfDNAPro_1.5.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cfDNAPro
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cfDNAPro
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cfDNAPro/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cfDNAPro/
软件包下载报告	下载数据