cellHTS2

DOI:10.18129 / B9.bioc.cellHTS2

这是发展cellHTS2版本;稳定的发布版本,请参阅cellHTS2。

分析细胞屏幕- cellHTS的修订版本

Bioconductor版本:发展(3.16)

这个包提供了分析工具进行的高通量分析microtitre板格式(包括但不限于384 -孔板)。功能包括数据导入和管理、正常化、质量评估、复制概括和统计得分。一个网页,它提供了一个详细的图形概述数据和分析结果。在我们的工作中,我们应用软件包RNAi屏幕飞和人类细胞和酵母的屏幕库。看到了什么? cellHTS2简介。

作者:Ligia胸罩,Michael Boutros沃尔夫冈•休伯< whuber在embl.de > < m。布特罗斯·dkfz.de >,格雷戈勒加索尔在embl.de > < gpau, Florian Hahne <弗洛里安。在novartis.com hahne >

维修工:约瑟夫·巴里<约瑟夫。巴里在embl.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“cellHTS2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“cellHTS2”)

PDF	R脚本	主要装饰图案(完整版):端到端分析细胞的屏幕
PDF	R脚本	细胞的主要装饰图案:端到端分析屏幕
PDF	R脚本	补充:enhancer-suppressor屏幕
PDF	R脚本	补充:多渠道化验
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays,ImmunoOncology,预处理,软件,可视化
版本	2.61.0
Bioconductor自	BioC 2.1 (r - 2.6)(14.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),RColorBrewer,Biobase、方法、genefilter,splots,vsn,hwriter,locfit、网格
进口	GSEABase,类别stats4,BiocGenerics
链接
建议	ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.dkfz.de/signalinghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我	imageHTS,staRank
进口我	gespeR,RNAinteract
建议我	bioassayR
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cellHTS2_2.61.0.tar.gz
Windows二进制	cellHTS2_2.61.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	cellHTS2_2.61.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellHTS2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cellHTS2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cellHTS2/
包下载报告	下载数据