ccrepe

DOI:10.18129 / B9.bioc.ccrepe

这是发展ccrepe版本;稳定的发布版本,请参阅ccrepe。

ccrepe_and_nc.score

Bioconductor版本:发展(3.17)

CCREPE(纠正REnormalizaion和排列组合性原则)包的目的是评估的意义一般相似措施组成的数据集。在微生物丰度数据,例如,所有微生物和总丰度;CCREPE设计时考虑到这个约束假定值分配给微生物之间的相似性度量。包有两个功能:ccrepe:计算相似性措施,p和q值的相对含量,虫子在身体一个或两个网站的使用引导和置换矩阵的数据。数控。得分:计算了解共变和co-exclusion模式基于棋盘得分顺序数据的扩展。

作者:艾玛Schwager < emh146 mail.harvard.edu >,克雷格·比<克雷格。乔治·比gmail.com >,乔治Weingart <。在gmail.com weingart >

维护人员:艾玛Schwager <艾玛。schwager gmail.com >,克雷格·比<克雷格。乔治·比gmail.com >,乔治Weingart <。在gmail.com weingart >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ccrepe”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ccrepe”)

PDF	R脚本	ccrepe
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	生物信息学,ImmunoOncology,宏基因组,软件,统计数据
版本	1.35.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(9年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	infotheo(> = 1.1)
链接
建议	knitr,BiocStyle,BiocGenerics,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ccrepe_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	ccrepe_1.35.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ccrepe_1.35.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ccrepe_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccrepe
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ccrepe
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ccrepe/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ccrepe/
包下载报告	下载数据