ccfindR

DOI:10.18129 / B9.bioc.ccfindR

这是发展ccfindR版本;稳定发布版本请参见ccfindR．

癌症克隆发现者

Bioconductor版本:开发(3.17)

癌症基因组数据聚类分析工具的集合，包括那些单细胞RNA-seq。细胞聚类和特征基因选择分析采用贝叶斯(和极大似然)非负矩阵分解(NMF)算法。输入数据集包括RNA计数矩阵、基因和细胞条形码注释。分析输出是多个级别的因子矩阵和每个级别的边际似然值。该软件包包括用于下游分析的实用程序，包括元基因识别、可视化和构建集群的基于排名的树。

作者:吴俊[aut, cre]，王金华[aut]

维护者:Jun Woo

安装

要安装此包，启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ccfindR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ccfindR”)

超文本标记语言	R脚本	ccfindR:使用贝叶斯非负矩阵分解的单细胞rna序列分析
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文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，聚类，ImmunoOncology，SingleCell，软件，转录组
版本	1.19.0
在Bioconductor公司	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	统计数据,S4Vectors， utils，方法，矩阵，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，Rtsne，图形，grDevices，gtools，RColorBrewer，猿，Rmpi，irlba，Rcpp，Rdpack(> = 0.7)
链接	Rcpp，RcppEigen
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://dx.doi.org/10.26508/lsa.201900443
全靠我
进口我
建议我	MutationalPatterns
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ccfindR_1.19.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	ccfindR_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ccfindR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ccfindR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ccfindR/
软件包下载报告	下载数据