- 家
- Bioconductor 3.14
- 软件包
- 卡斯珀(开发版)
卡斯珀
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DOI:10.18129 / B9.bioc.casper
这是发展版的鬼马小精灵;稳定的发布版本,请参阅卡斯珀。
描述基于Paired-End可变剪接的读取
Bioconductor版本:发展(3.14)
推断出可变剪接从paired-end RNA-seq数据。跨外显子模型是基于计算路径,而不是成对外显子连接,并估计片段大小和分布non-parametrically开始,提高估计精度。
作者:大卫•Rossell卡米尔Stephan-Otto曼努埃尔Kroiss,米兰达·施托贝,维克多佩纳
维护人员:大卫Rossell < rosselldavid gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“鬼马小精灵”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“鬼马小精灵”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“鬼马小精灵”)
| DesignRNASeq.pdf | ||
| R脚本 | 卡斯珀图书馆手册 | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录 |
| 版本 | 2.27.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(8年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 3.6.0),Biobase,IRanges、方法、GenomicRanges |
| 进口 | BiocGenerics(> = 0.31.6),coda,EBarrays,gaga,gtools,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,limma,mgcv,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors(> = 0.9.25),sqldf,生存,VGAM |
| 链接 | |
| 建议 | |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | 平行 |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | casper_2.27.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13(高山脉) | casper_2.27.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/casper |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/卡斯珀 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/casper/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
