癌症

DOI:10.18129 / B9.bioc.canceR

这是发展版本的癌症;稳定的发布版本,请参阅癌症。

一个图形用户界面来访问和建模MSKCC的癌症基因组学数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

包的用户友好界面基于cgdsr和其他建模方案探讨,比较和分析所有可用的癌症数据(临床数据、基因突变、基因甲基化基因表达,蛋白质磷酸化,拷贝数改变)主办的计算生物学中心朗科特林纪念医院癌症中心(MSKCC)。

作者:卡里姆Mezhoud。核安全与安全部门。核科学中心的突尼斯。

维护人员:卡里姆Mezhoud < kmezhoud gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“癌症”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“癌症”)

HTML	R脚本	癌症:图形用户界面来访问和建模MSKCC的癌症基因组学数据
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细节

biocViews	聚类,去,GUI,GeneExpression,GeneSetEnrichment,KEGG,MultipleComparison,软件
版本	1.33.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1), tcltk
进口	GSEABase,tkrplot,geNetClassifier,RUnit,公式,rpart,生存,Biobase,phenoTest,circlize,plyrgrDevices、图形、数据、跑龙套,R.oo,R.methodsS3,httr
链接
建议	testthat(> = 3.1),knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements	Tktable, BWidget
增强了
URL
BugReports	https://github.com/kmezhoud/canceR/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	canceR_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	canceR_1.33.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	canceR_1.33.0.tgz
macOS二进制(arm64)	canceR_1.33.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/canceR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/癌症
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/canceR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/canceR/
包下载报告	下载数据