cageminer

DOI:10.18129 / B9.bioc.cageminer

这是发展cageminer版本;稳定的发布版本,请参阅cageminer。

候选基因的矿工

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包旨在整合GWAS-derived SNPs和coexpression网络我的候选基因与一个特定的表型相关。为此,用户必须定义一组指导基因,这是已知的基因参与研究的表型。此外,挖掘候选人可以给定一个分数,支持中心和/或转录因子的候选人。分数可以用于排名并选择顶部n最有前途的基因下游实验。

作者:法布Almeida-Silva (aut (cre),蒂亚戈·Venancio (aut)

维护人员:法布Almeida-Silva < fabricio_almeidasilva hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“cageminer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“cageminer”)

HTML	R脚本	挖掘高信任度与cageminer候选基因
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,GeneExpression,GenomeWideAssociation,网络,NetworkEnrichment,单核苷酸多态性,软件,VariantAnnotation
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	ggplot2,ggbio,ggtext,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,reshape2、方法、BioNERO
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),SummarizedExperiment,knitr,BiocStyle,rmarkdown,covr,sessioninfo
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/almeidasilvaf/cageminer
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/cageminer
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cageminer_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	cageminer_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cageminer_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cageminer_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cageminer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cageminer
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cageminer/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cageminer/
包下载报告	下载数据