cBioPortalData

DOI:10.18129 / B9.bioc.cBioPortalData

这是发展cBioPortalData版本;稳定版请参见cBioPortalData．

暴露并提供来自cBioPortal web资源的数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

cBioPortalData R包访问来自cBio癌症基因组学门户的研究数据集。它可以从预打包的zip / tar文件中访问数据，也可以从cBioPortal数据团队最近实现的API接口中访问数据。该包可以以表格格式或MultiAssayExperiment对象提供数据，MultiAssayExperiment对象使用熟悉的Bioconductor数据表示。

作者:Levi Waldron [aut]， Marcel Ramos [aut, cre]，卡里姆·梅周德[ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cBioPortalData")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cBioPortalData”)

超文本标记语言	R脚本	cBioPortal数据构建错误
超文本标记语言	R脚本	cBioPortal快速入门指南
超文本标记语言	R脚本	cBioPortal用户指南
超文本标记语言	R脚本	从cgdsr迁移到cBioPortalData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，软件，ThirdPartyClient
版本	2.9.4
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 4.2.0)，铁砧(> = 1.7.1上),MultiAssayExperiment
进口	BiocFileCache(> = 1.5.3)更正,消化，dplyr，GenomeInfoDb，GenomicRanges，httr，IRanges、方法、readr，RaggedExperiment，RTCGAToolbox(> = 2.19.7),S4Vectors，SummarizedExperiment统计数据,宠物猫，tidyr，TCGAutils(>= 1.9.4)， utils
链接
建议	BiocStyle，knitr，生存，survminer，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/cBioPortalData/issues
全靠我
进口我	cbaf
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cBioPortalData_2.9.4.tar.gz
Windows二进制	cBioPortalData_2.9.4.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	cBioPortalData_2.9.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cBioPortalData
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cBioPortalData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cBioPortalData/
软件包下载报告	下载数据