cBioPortalData

DOI:10.18129 / B9.bioc.cBioPortalData

这是发展cBioPortalData版本;稳定版请参见cBioPortalData

暴露并提供来自cBioPortal web资源的数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

cBioPortalData R包访问来自cBio癌症基因组学门户的研究数据集。它可以从预打包的zip / tar文件中访问数据,也可以从cBioPortal数据团队最近实现的API接口中访问数据。该包可以以表格格式或MultiAssayExperiment对象提供数据,MultiAssayExperiment对象使用熟悉的Bioconductor数据表示。

作者:Levi Waldron [aut], Marcel Ramos [aut, cre],卡里姆·梅周德[ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

引文(从R内,输入引用(“cBioPortalData”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cBioPortalData")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“cBioPortalData”)

超文本标记语言 R脚本 cBioPortal数据构建错误
超文本标记语言 R脚本 cBioPortal快速入门指南
超文本标记语言 R脚本 cBioPortal用户指南
超文本标记语言 R脚本 从cgdsr迁移到cBioPortalData
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 基础设施软件ThirdPartyClient
版本 2.9.4
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证 AGPL-3
取决于 R (>= 4.2.0),铁砧(> = 1.7.1上),MultiAssayExperiment
进口 BiocFileCache(> = 1.5.3)更正,消化dplyrGenomeInfoDbGenomicRangeshttrIRanges、方法、readrRaggedExperimentRTCGAToolbox(> = 2.19.7),S4VectorsSummarizedExperiment统计数据,宠物猫tidyrTCGAutils(>= 1.9.4), utils
链接
建议 BiocStyleknitr生存survminerrmarkdowntestthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/waldronlab/cBioPortalData/issues
全靠我
进口我 cbaf
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 cBioPortalData_2.9.4.tar.gz
Windows二进制 cBioPortalData_2.9.4.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra) cBioPortalData_2.9.4.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cBioPortalData
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cBioPortalData
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/cBioPortalData/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网