bumphunter

DOI:10.18129 / B9.bioc.bumphunter

这是发展bumphunter版本;稳定的发布版本,请参阅bumphunter。

撞猎人

Bioconductor版本:发展(3.16)

找到疙瘩在基因组数据的工具

作者:拉斐尔·a·伊(aut),马丁·阿尔耶前来(aut),丹尼尔•汉森(aut) Kasper赫克托耳Corrada布拉沃(aut),山安德鲁斯(施)、安德鲁·e·贾菲[所有],[所有]哈里斯贾菲,莱昂纳多Collado-Torres[所有],Tamilselvi Guharaj (cre)

维护人员:Tamilselvi Guharaj < selvi ds.dfci.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“bumphunter”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“bumphunter”)

PDF	R脚本	bumphunter用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,表观遗传学,ImmunoOncology,基础设施,MultipleComparison,软件
版本	1.39.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.23),GenomeInfoDb,GenomicRanges,foreach,迭代器、方法、并行locfit
进口	matrixStats,limma,doRNG,BiocGenerics跑龙套,GenomicFeatures,AnnotationDbi,统计数据
链接
建议	testthat,RUnit,doParallel,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rafalab/bumphunter
取决于我	minfi
进口我	brainflowprobes,冠军,coMethDMR,DAMEfinder,derfinder,dmrseq,epimutacions,epivizr,GenomicState,methylCC,recountWorkflow,rnaEditr
建议我	bigmelon,derfinderPlot,epivizrData,regionReport
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	bumphunter_1.39.0.tar.gz
Windows二进制	bumphunter_1.39.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	bumphunter_1.39.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bumphunter
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bumphunter
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bumphunter/
包下载报告	下载数据