bugsigdbr

DOI:10.18129 / B9.bioc.bugsigdbr

这是发展bugsigdbr版本;稳定的发布版本,请参阅bugsigdbr。

从BugSigDB R-side访问发表微生物签名

Bioconductor版本:发展(3.18)

bugsigdbr包实现方便的从在R / Bioconductor访问bugsigdb.org。计划的目标是促进BugSigDB数据导入R / Bioconductor,提供实用工具中提取微生物的签名,并使出口提取签名的格林尼治时间等标准文件格式的纯文本文件。

作者:路德维希Geistlinger (aut (cre),詹妮弗Wokaty (aut),李维沃尔德伦(aut)

维护人员:路德维希Geistlinger < ludwig_geistlinger hms.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“bugsigdbr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“bugsigdbr”)

HTML	R脚本	R-side访问BugSigDB
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GeneSetEnrichment,宏基因组,微生物组,软件
版本	1.7.3
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	BiocFileCache、方法、小跑龙套
链接
建议	BiocStyle,ontologyIndex knitr rmarkdown testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/bugsigdbr
BugReports	https://github.com/waldronlab/bugsigdbr/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	bugsigdbr_1.7.3.tar.gz
Windows二进制	bugsigdbr_1.7.3.zip
macOS二进制(x86_64)	bugsigdbr_1.7.3.tgz
macOS二进制(arm64)	bugsigdbr_1.7.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bugsigdbr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bugsigdbr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/bugsigdbr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bugsigdbr/
包下载报告	下载数据