bsseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.bsseq

这是发展bsseq版本;稳定的发布版本,请参阅bsseq。

分析、管理和存储重亚硫酸盐测序数据

Bioconductor版本:发展(3.14)

一组重亚硫酸盐测序数据分析和可视化工具。

作者:Kasper丹尼尔•汉森(aut (cre)彼得·希基(aut)

维修工:Kasper丹尼尔·汉森< kasperdanielhansen gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“bsseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“bsseq”)

HTML	R脚本	分析与bsseq WGBS数据
HTML	R脚本	bsseq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,软件
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0),方法,BiocGenerics,GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.19.5)
进口	IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb,尺度、统计数据、图表、Biobase,locfit,gtools,data.table(> = 1.11.8),S4Vectors(> = 0.27.12),R.utils(> = 2.0.0),DelayedMatrixStats(> = 1.5.2),交换,limma,DelayedArray(> = 0.15.16),Rcpp,BiocParallel,BSgenome,Biostrings跑龙套,HDF5Array(> = 1.19.11),rhdf5
链接	Rcpp,beachmat
建议	testthat,bsseqData,BiocStyle,rmarkdown,knitr,矩阵,doParallel,rtracklayer,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,beachmat(> = 1.5.2),BatchJobs
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq
BugReports	https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/issues
取决于我	biscuiteer,bsseqData,dmrseq,DSS
进口我	DMRcate,MethCP,methylCC,methylSig,米拉,NanoMethViz,scmeth,tcgaWGBSData.hg19
建议我	methrix,tissueTreg
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	bsseq_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	bsseq_1.29.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	bsseq_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bsseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bsseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bsseq/
包下载报告	下载数据