breakpointR

DOI:10.18129 / B9.bioc.breakpointR

这是发展breakpointR版本;稳定的发布版本,请参阅breakpointR。

在Strand-seq找到断点数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个方案实现了功能寻找断点,策划和Strand-seq出口数据。

作者:大卫•Porubsky阿什利·桑德斯,亚伦Taudt

维护人员:大卫Porubsky <大卫。在gmail.com porubsky >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“breakpointR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“breakpointR”)

PDF	R脚本	如何使用breakpointR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,DNASeq,测序,SingleCell,软件
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.5),GenomicRanges,cowplot,breakpointRdata
进口	方法、跑龙套grDevices,统计数据,S4Vectors,GenomeInfoDb(> = 1.12.3),IRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,ggplot2,BiocGenerics,gtools,doParallel,foreach
链接
建议	knitr,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/daewoooo/BreakPointR
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	breakpointR_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	breakpointR_1.17.0.zip
macOS二进制(x86_64)	breakpointR_1.17.0.tgz
macOS二进制(arm64)	breakpointR_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/breakpointR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ breakpointR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/breakpointR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/breakpointR/
包下载报告	下载数据