blima

DOI:10.18129 / B9.bioc.blima

这是发展bla版本;稳定版请参见blima．

用于探测器(珠)水平上Illumina微阵列预处理和分析的工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

包blima包括几种用于Illumina微阵列数据预处理的算法。重点研究了珠级分析，为不等长向量的分位数归一化提供了新的方法。它提供了多种背景校正方法，包括背景减法、RMA(如卷积)和背景离群值去除。在珠层上实现方差稳定变换。还实现了用于数据汇总的方法。它还提供了在检测器(珠)水平和探针水平上执行t检验的方法，用于差异表达测试。

作者:vojtch Kulvait

维护者:vojtch Kulvait < Kulvait at gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" bla ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“blima”)

PDF	R脚本	blima.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneRegulation，微阵列，归一化，预处理，软件
版本	1.33.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.3)
进口	beadarray(> = 2.0.0),Biobase(> = 2.0.0),Rcpp(> = 0.12.8),BiocGenerics， grDevices, stats, graphics
链接	Rcpp
建议	xtable，blimaTestingData，BiocStyle，illuminaHumanv4.db，光民，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://bitbucket.org/kulvait/blima
全靠我
进口我
建议我	blimaTestingData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	blima_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	blima_1.33.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	blima_1.33.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	blima_1.33.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/blima
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ bla
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/blima/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/blima/
软件包下载报告	下载数据