biscuiteer

DOI:10.18129 / B9.bioc.biscuiteer

这是发展biscuiteer版本;稳定的发布版本,请参阅biscuiteer。

便利功能饼干

Bioconductor版本:发展(3.16)

bsseq加载的测试装具模块输出饼干,总结WGBS数据在可映射定义的区域和样本,有或没有非难,下降的mostly-NA行,年龄估计等。

作者:蒂姆Triche (aut),扫读周(aut),本杰明·约翰逊(aut),雅各布·莫里森(aut (cre) Lyong Heo (aut),詹姆斯Eapen (aut)

维护人员:雅各布·莫里森<雅各。莫里森在vai.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“biscuiteer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“biscuiteer”)

HTML	R脚本	Biscuiteer用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DataImport,MethylSeq,软件
版本	1.11.2
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0),biscuiteerData,bsseq
进口	readr,qualV,矩阵,嫁祸于,HDF5Array,S4Vectors,Rsamtools,data.table,Biobase,GenomicRanges,IRanges,BiocGenerics,VariantAnnotation,DelayedMatrixStats,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,Mus.musculus,Homo.sapiens,matrixStats,rtracklayer,QDNAseq,dmrseq、方法、跑龙套R.utils,gtools,BiocParallel
链接
建议	DSS,covr,knitr,rmarkdown,减价,rlang,scmeth,pkgdown,roxygen2,testthat,QDNAseq.hg19,QDNAseq.mm10,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/trichelab/biscuiteer
BugReports	https://github.com/trichelab/biscuiteer/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	biscuiteer_1.11.2.tar.gz
Windows二进制	biscuiteer_1.11.2.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	biscuiteer_1.11.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biscuiteer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biscuiteer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biscuiteer/
包下载报告	下载数据