biosigner

DOI:10.18129 / B9.bioc.biosigner

这是发展生物签名人版本;稳定版请参见biosigner．

从组学数据中发现特征

Bioconductor版本:开发(3.16)

特征选择在组学数据分析中至关重要，可以从复杂的高维数据中提取受限的、有意义的分子特征，并构建健壮的分类器。这个包实现了一种新的方法来评估变量与分类器预测性能的相关性。该方法可以与PLS-DA、随机森林和SVM二元分类器并行运行。返回签名和相应的“受限”模型，从而实现对新数据集的未来预测。在Workflow4metabolomics.org的计算代谢组学在线基础设施中可以获得该包的Galaxy实现。

作者:Philippe Rinaudo [aut]， Etienne A. Thevenot [aut, cre]

维护者:Etienne A. Thevenot < Etienne。Thevenot at cea.fr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("biosigner")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“biosigner”)

超文本标记语言	R脚本	biosigner-vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，FeatureExtraction，Lipidomics，MassSpectrometry，代谢组学，蛋白质组学，软件，转录组
版本	1.25.6
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	CeCILL
取决于
进口	Biobase、方法、e1071， grDevices，图形，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，randomForest，ropls统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BioMark，BiocGenerics，BiocStyle，golubEsets，hu6800.db，knitr，omicade4，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://dx.doi.org/10.3389/fmolb.2016.00026
全靠我
进口我	multiSight
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	biosigner_1.25.6.tar.gz
Windows二进制	biosigner_1.25.6.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	biosigner_1.25.6.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biosigner
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biosigner
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biosigner/
软件包下载报告	下载数据