biosigner

DOI:10.18129 / B9.bioc.biosigner

这是发展生物签名人版本;稳定版请参见biosigner

从组学数据中发现特征

Bioconductor版本:开发(3.16)

特征选择在组学数据分析中至关重要,可以从复杂的高维数据中提取受限的、有意义的分子特征,并构建健壮的分类器。这个包实现了一种新的方法来评估变量与分类器预测性能的相关性。该方法可以与PLS-DA、随机森林和SVM二元分类器并行运行。返回签名和相应的“受限”模型,从而实现对新数据集的未来预测。在Workflow4metabolomics.org的计算代谢组学在线基础设施中可以获得该包的Galaxy实现。

作者:Philippe Rinaudo [aut], Etienne A. Thevenot [aut, cre]

维护者:Etienne A. Thevenot < Etienne。Thevenot at cea.fr>

引文(从R内,输入引用(“biosigner”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("biosigner")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“biosigner”)

超文本标记语言 R脚本 biosigner-vignette
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类FeatureExtractionLipidomicsMassSpectrometry代谢组学蛋白质组学软件转录组
版本 1.25.6
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证 CeCILL
取决于
进口 Biobase、方法、e1071, grDevices,图形,MultiAssayExperimentMultiDataSetrandomForestropls统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 BioMarkBiocGenericsBiocStylegolubEsetshu6800.dbknitromicade4rmarkdowntestthat
SystemRequirements
增强了
URL http://dx.doi.org/10.3389/fmolb.2016.00026
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 biosigner_1.25.6.tar.gz
Windows二进制 biosigner_1.25.6.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra) biosigner_1.25.6.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biosigner
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biosigner
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/biosigner/
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Bioconductor

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网