biomaRt

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomaRt

这是发展biomaRt版本;稳定的发布版本,请参阅biomaRt。

接口BioMart数据库(例如运用)

Bioconductor版本:发展(3.16)

近年来大量的生物数据变得可用的公共数据存储库。容易获得这些宝贵的数据资源和公司集成与数据分析需要综合生物信息学数据分析。biomaRt提供了一个接口的数据库实现biomaRt软件套件( )。包使检索大量的数据以统一的方式,而不需要了解底层数据库模式或写复杂的SQL查询。BioMart数据库维护的最突出的例子,运用提供BioMart用户直接访问一组不同的数据,使各种强大的在线查询从基因注释数据库挖掘。

作者:史蒂芬Durinck (aut),沃尔夫冈·胡贝尔(aut),肖恩·戴维斯(施),弗朗索瓦Pepin[所有],文斯年代布法罗(施),迈克·史密斯(施,cre)

维护人员:迈克史密斯< grimbough gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“biomaRt”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“biomaRt”)

HTML	R脚本	访问与biomaRt运用注释
HTML	R脚本	使用BioMart运用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,软件
版本	2.53.2
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 17.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法
进口	跑龙套,XML(> = 3.99 - -0.7),AnnotationDbi,进步,stringr,httr,消化,BiocFileCache,rappdirs,xml2
链接
建议	BiocStyle,knitr,嘲笑,rmarkdown,testthat,webmockr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	注释,BrainSABER,chromPlot,彗星,customProDB,DrugVsDisease,genefu,GenomicOZone,MineICA,NetSAM,PPInfer,RepViz,VegaMC
进口我	ArrayExpressHTS,ASpediaFI,BadRegionFinder,BgeeCall,分歧点,BUSpaRse,ChIPpeakAnno,CHRONOS,conclus,dagLogo,DEXSeq,DominoEffect,drugTargetInteractions,easyRNASeq,EDASeq,埃尔默,EpiMix,epimutacions,ExpHunterSuite,弗雷泽,GDCRNATools,GeneAccord,GenomicFeatures,GenVisR,gespeR,glmSparseNet,GOexpress,goSTAG,gpart软件,Gviz,爱马仕,InterCellar,等压线,花边,mCSEA,MEDIPS,MetaboSignal,metaseqR2,MGFR,MouseFM,NoRCE,OncoScore,oposSOM,pcaExplorer,phenoTest,PrecisionTrialDrawer,pRoloc,ProteoMM,psygenet2r,pwOmics,R453Plus1Toolbox,ramwas,收回,rgsepd,RIPAT,RnaSeqSampleSize,scPipe,seq2pathway,SeqGSEA,sitadela,分裂,海绵,surfaltr,SWATH2stats,TCGAbiolinks,TCGAWorkflow,TEKRABber,TFEA.ChIP,TimiRGeN,transcriptogramer,trena,ViSEAGO,XCIR,纱
建议我	AnnotationForge,bioassayR,BloodCancerMultiOmics2017,ccTutorial,celda,cellTree,chromstaR,ClusterJudge,CNVgears,crisprDesign,ctgGEM,cTRAP,epistack,fedup,小伙子,GRaNIE,h5vc,leeBamViews,MAGeCKFlute,马提尼,massiR,MethReg,MineICA,海市蜃楼,MutationalPatterns,netSmooth,益生元,OrganismDbi,钢琴,Pigengene,后代,R3CPET,Rcade,RegParallel,RforProteomics,RnBeads,rTRM,嘘,ShortRead,SIM卡,sincell,SummarizedBenchmark,trackViewer,wiggleplotr,zinbwave
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	biomaRt_2.53.2.tar.gz
Windows二进制	biomaRt_2.53.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	biomaRt_2.53.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomaRt
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biomaRt
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biomaRt/
包下载报告	下载数据