biodb

DOI:10.18129 / B9.bioc.biodb

这是发展biodb版本;稳定的发布版本,请参阅biodb。

biodb、一个图书馆和一个开发框架连接到化学和生物数据库

Bioconductor版本:发展(3.18)

biodb包提供标准的访问远程化学和生物数据库(ChEBI, KEGG, HMDB,…),以及内部本地数据库文件(CSV、SQLite),方便检索条目,访问web服务,搜索质量的化合物和/或名称,和质谱匹配LCMS和男男同性恋者。其架构作为一个开发框架促进新的数据库连接器的发展为当地项目或在单独的发布包。

作者:Pierrick罗杰(aut (cre)Alexis Delabriere(施)

维护人员:Pierrick罗杰< Pierrick。罗杰在cea.fr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“biodb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“biodb”)

HTML	R脚本	创建一个新的连接器类用于访问数据库。
HTML	R脚本	创建一个新的条目字段。
HTML	R脚本	细节一般* biodb *使用和原则
HTML	R脚本	介绍biodb包。
HTML	R脚本	操纵条目对象
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,基础设施,KEGG,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	BiocFileCache、R6 RCurl RSQLite Rcpp, XML,嗯,jsonlite, lgr,生命周期,方法,openssl, plyr,进步,rappdirs,统计,stringr,工具,withr yaml
链接	Rcpp, testthat
建议	BiocStyle,devtools roxygen2 testthat (> = 2.0.0) knitr, rmarkdown, covr, xml2 git2r
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pkrog/biodb
BugReports	https://github.com/pkrog/biodb/issues
取决于我
进口我	biodbChebi,biodbExpasy,biodbHmdb,biodbKegg,biodbLipidmaps,biodbMirbase,biodbNcbi,biodbNci,biodbUniprot,phenomis
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	biodb_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	biodb_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	biodb_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biodb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biodb
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/biodb/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biodb/
包下载报告	下载数据