beadarray

DOI:10.18129 / B9.bioc.beadarray

这是发展beadarray版本;稳定的发布版本请参见beadarray。

Illumina BeadArray数据的质量评估和低水平分析

生物导体版本:开发(3.13)

该包能够读取珠子级数据(原始tiff和文本文件)输出的BeadScan以及珠子总结数据从BeadStudio。提供了质量评价和低层次分析的方法。

作者:马克·邓宁，迈克·史密斯，乔纳森·凯恩斯，安迪·林奇，马特·里奇

维护者:Mark Dunning

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("beadarray")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“beadarray”)

PDF	R脚本	beadarray.pdf
PDF	R脚本	beadlevel.pdf
PDF	R脚本	beadsummary.pdf
PDF	R脚本	ImageProcessing.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件
版本	2.41.0
Bioconductor自	BioC 1.8 (R-2.3)(15年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 2.13.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),Biobase(> = 2.17.8),hexbin
进口	BeadDataPackR,limma,AnnotationDbistats4,reshape2,GenomicRanges,IRanges,illuminaio、方法、ggplot2
链接
建议	光民,vsn,affy,hwriter,beadarrayExampleData,illuminaHumanv3.db,gridExtra,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,ggbio,喷嘴。R1,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	beadarrayExampleData
进口我	arrayQualityMetrics,BeadArrayUseCases,blima,epigenomix
建议我	beadarraySNP,blimaTestingData,光民
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	beadarray_2.41.0.tar.gz
Windows二进制	beadarray_2.41.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	beadarray_2.41.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/beadarray
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ beadarray
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/beadarray/
包下载报告	下载数据