basecallQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.basecallQC

这是发展basecallQC版本;稳定的发布版本,请参阅basecallQC。

使用Illumina公司Basecalling和多路分解输入和输出文件

Bioconductor版本:发展(3.17)

basecallQC包提供了一些工具来处理Illumina公司bcl2Fastq(> = 2.1.7)软件版本。basecalling和多路分解使用bcl2Fastq软件之前,basecallQC功能允许用户更新Illumina公司样本表从版本< = 1.8.9 > = 2.1.7标准,清洁样本表常见问题,如无效样本名称和id,创建阅读和索引basemasks bcl2Fastq命令。代basecalled和去复用数据后,basecallQC包允许用户生成HTML表、阴谋和一个自包含的报告汇总指标从Illumina公司XML输出文件。

作者:托马斯·卡罗尔和玛丽安多尔

维护人员:托马斯·卡罗尔< tc.infomatics gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“basecallQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“basecallQC”)

HTML	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,基础设施,质量控制,测序,软件
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R(> = 3.4),统计,跑龙套,方法,rmarkdown,knitr,prettydoc,yaml
进口	ggplot2,stringr,XML,光栅,dplyr,data.table,tidyr,magrittr,DT,lazyeval,ShortRead
链接
建议	testthat,BiocStyle
SystemRequirements	bcl2Fastq(版本> = 2.1.7)
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	basecallQC_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	basecallQC_1.23.0.zip
macOS二进制(x86_64)	basecallQC_1.23.0.tgz
macOS二进制(arm64)	basecallQC_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/basecallQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ basecallQC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/basecallQC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/basecallQC/
包下载报告	下载数据