bamsignals

DOI:10.18129 / B9.bioc.bamsignals

这是发展bamsignals版本;稳定的发布版本,请参阅bamsignals。

从bam文件提取读计数信号

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包可以有效地获得计算向量从索引bam文件。重要的读取给定基因组范围和它计算读取配置文件,覆盖配置文件。它还处理paired-end数据。

作者:亚历山德罗Mammana (aut (cre),约翰内斯·赫尔穆特(aut)

维护人员:约翰内斯·赫尔穆特<约翰内斯。赫尔穆特在laborberlin.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“bamsignals”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“bamsignals”)

HTML	R脚本	介绍bamsignals包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,测序,软件
版本	1.31.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	方法,BiocGenerics,Rcpp(> = 0.10.6),IRanges,GenomicRanges,zlibbioc
链接	Rcpp,Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc
建议	testthat(> = 0.9),Rsamtools,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/lamortenera/bamsignals
BugReports	https://github.com/lamortenera/bamsignals/issues
取决于我
进口我	AneuFinder,chromstaR,DNAfusion,epigraHMM,karyoploteR,normr,裂殖体
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	bamsignals_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	bamsignals_1.31.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	bamsignals_1.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)	bamsignals_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bamsignals
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/bamsignals/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/
包下载报告	下载数据