Bambu.

DOI：10.18129 / b9.bioc.bambu.

这是发展Bambu的版本;对于稳定的版本版本，请参阅Bambu.。

长读RNA-SEQ数据的参考引导同种型重建和量化

Bioconductor版本：开发（3.13）

Bambu是用于多样本转录物发现和使用长读取RNA-SEQ数据的多样抄本发现和量化的R包。您可以在读取对齐后使用Bambu以获得已知和新的转录物和基因的表达估计。Bambu的输出可以直接用于可视化和下游分析，例如差异基因表达或转录物使用。

作者：莹辰[CRE，AUT]，YUK KEI WAN [AUT]，Jonathan Goeke [AUT]

维护者：Ying Chen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squally = true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化buoc devel biocmanager ::安装（版本='devel'）biocmanager ::安装（“bambu”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Bambu”）

HTML.	r script.	Bambu.
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	结盟那覆盖范围那不同的亚兴那特征提取那基因表达那GenomeanNotation.那Genomeassembly.那免疫学那多匹匹莫森那正常化那rnaseq.那回归那测序那软件那转录那转录组学
版本	1.1.3
在生物导体中以来	BIOC 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	gpl-3 +文件执照
依靠	r（> = 4.0.0），概括分析（> = 1.1.6），S4Vectors.（> = 0.22.1），绞喉
进口	生物根系那生物相投那data.table.那dplyr.那Genomeinfodb.那基因管理那基因组法那Genomicranges.，统计，glmnet.那RSAMTOOLS.， 方法，rcpp.
链接到	rcpp.那rcpparmadillo.
建议	annotationdbi.那生物仪器那biocfilecache.那ggplot2.那ComplexHeatMap.那盘旋那GGBIO.那格拉底那kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38.那txdb.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene.那实验室（> = 1.15.3），deseq2.那Nanoporernaseq.那bsgenome.那apeglm.，实用，Dexseq.
系统要求
加强	平行
URL.	https://github.com/goekelab/bambu.
取决于我
进口我
建议我	Nanoporernaseq.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	Bambu_1.1.3.tar.gz.
Windows二进制文件	bambu_1.1.3.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	Bambu_1.1.3.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/bambu.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ bambu
包短网址	https://biocumon.org/packages/bambu/
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