awst

DOI:10.18129 / B9.bioc.awst

这是发展awst版本;稳定的发布版本,请参阅awst。

不对称Within-Sample转换

Bioconductor版本:发展(3.17)

我们提出一个不对称Within-Sample转换(AWST)规范RNA-seq读计数和减少噪声的影响样本的分类。AWST包括两个主要步骤:标准化和平滑。这些步骤将基因表达数据减少表达的低噪音的特性,受背景影响和低信噪比和高表达的影响特征,这可能是放大的结果偏差和其他实验工件。

作者:大卫Risso (aut, cre, cph),斯特凡诺Pagnotta (aut (cph)

维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“awst”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“awst”)

HTML	R脚本	介绍awst
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	统计数据、方法SummarizedExperiment
链接
建议	气道,ggplot2,testthat,EDASeq,knitr,BiocStyle,RefManageR,sessioninfo,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drisso/awst
BugReports	https://github.com/drisso/awst/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	awst_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	awst_1.7.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	awst_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	awst_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/awst
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ awst
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/awst/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/awst/
包下载报告	下载数据