atena

DOI:10.18129 / B9.bioc.atena

这是发展雅典娜版;稳定版请参见atena

转座因子分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

通过不同的方法,包括ERVmap, TEtranscripts和Telescope,从RNA-seq数据中量化转座因子(TEs)的表达。提供了一个公共接口来使用这些方法,其中包括构建一个参数对象,使用该对象调用量化函数,并获得一个summarizeexperimental对象作为量化表达式概要文件的输出容器。该实现允许以集成的方式量化TEs和基因转录本。

作者:Beatriz Calvo-Serra [aut, cre], Robert Castelo [aut]

维护者:Beatriz Calvo-Serra < Beatriz。卡尔沃在upf.edu>

引文(从R内,输入引用(“atena”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("atena")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“atena”)

超文本标记语言 R脚本 atena包的介绍
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文本 新闻

细节

biocViews 报道DifferentialExpressionFunctionalGenomicsGeneExpression预处理RNASeq测序软件转录转录组
版本 1.5.3
在Bioconductor bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.1),SummarizedExperiment
进口 方法、统计数据矩阵BiocGenericsBiocParallelS4VectorsIRangesGenomicRangesGenomicAlignmentsRsamtoolsGenomeInfoDbSQUAREMsparseMatrixStatsAnnotationHub尺度matrixStats
链接
建议 covrBiocStyleknitrrmarkdownRUnit
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/functionalgenomics/atena
BugReports https://github.com/functionalgenomics/atena/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 atena_1.5.3.tar.gz
Windows二进制 atena_1.5.3.zip
macOS二进制文件(x86_64) atena_1.5.3.tgz
macOS二进制文件(arm64) atena_1.5.3.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/atena
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/atena
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/atena/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/atena/
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