appreci8R

DOI:10.18129 / B9.bioc.appreci8R

这是发展appreci8R版本;稳定的发布版本,请参阅appreci8R。

appreci8R: R / Bioconductor包过滤SNVs PPV和短indels高敏感性和高

Bioconductor版本:发展(3.17)

appreci8R R版本appreci8-algorithm -管道的精确变量调用集成8工具。变体打电话的结果我们标准appreci8-tools (GATK,鸭嘴兽,VarScan FreeBayes, LoFreq, SNVer, samtools和VarDict),以及5额外工具相结合,评估和筛选。

作者:莎拉Sandmann

维修工:莎拉Sandmann <萨拉。在uni-muenster.de sandmann >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“appreci8R”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“appreci8R”)

PDF	R脚本	使用appreci8R
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability,单核苷酸多态性,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	LGPL-3
取决于
进口	闪亮的,shinyjs,DT,VariantAnnotation,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,Homo.sapiens,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,rsnps,Biostrings,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5,COSMIC.67,rentrez,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,seqinr,openxlsx,Rsamtools,stringr,跑龙套,统计数据,GenomicRanges,S4Vectors,GenomicFeatures,IRanges,GenomicScores,SummarizedExperiment
链接
建议	GO.db,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	appreci8R_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	appreci8R_1.17.0.zip
macOS二进制(x86_64)	appreci8R_1.17.0.tgz
macOS二进制(arm64)	appreci8R_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/appreci8R
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ appreci8R
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/appreci8R/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/appreci8R/
包下载报告	下载数据