anota2seq

DOI:10.18129 / B9.bioc.anota2seq

这是发展anota2seq版本;稳定的发布版本,请参阅anota2seq。

一般适用于使用anota2seq transcriptome-wide转化效率的分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

anota2seq提供分析转化效率和微分表达式分析polysome-profiling ribosome-profiling研究(两个或两个以上的样本类)量化RNA序列或dna阵列。Polysome-profiling和ribosome-profiling通常生成两个RNA数据源的数据;翻译mRNA和总mRNA。分析的微分表达式是用来估计变化在每一个RNA源(即翻译信使RNA或总mRNA)。转化效率的分析旨在确定翻译效率的变化导致改变蛋白质含量总mRNA水平的独立(即独立的翻译mRNA水平变化的总mRNA)或缓冲机制调节转化效率,所以蛋白质含量保持不变,尽管波动总mRNA水平(即总mRNA的变化独立于翻译mRNA水平)。anota2seq应用局部方差分析和随机方差模型来完成这些任务。

作者:基督教Oertlin <基督教。oertlin吻。se >,朱莉Lorent <朱莉。在ki.se lorent >,Ola Larsson

维护人员:基督教Oertlin <基督教。oertlin吻。se >,朱莉Lorent <朱莉。在ki.se lorent >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“anota2seq”)

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文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,DifferentialExpression,GeneExpression,GeneRegulation,GenomeWideAssociation,ImmunoOncology,微阵列,归一化,RNASeq,回归,测序,软件
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 3.4.0)方法
进口	乘,qvalue,limma,DESeq2,刨边机,RColorBrewergrDevices图形,统计,跑龙套,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	anota2seq_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	anota2seq_1.21.0.zip
macOS二进制(x86_64)	anota2seq_1.21.0.tgz
macOS二进制(arm64)	anota2seq_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/anota2seq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ anota2seq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/anota2seq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/anota2seq/
包下载报告	下载数据