annmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.annmap

这是发展annmap版本;稳定的发布版本,请参阅annmap。

基因组注释和可视化包属于Affymetrix数组和门店分析。

Bioconductor版本:发展(3.17)

annmap提供注释映射Affymetrix外显子数组和坐标查询支持深度测序数据分析。数据库访问是隐藏在API提供了一组功能,比如genesInRange (), geneToExon (), exonDetails()等函数来绘制基因结构和BAM文件数据也提供。基础数据来自运用。annmap数据库可以从下载:https://figshare.manchester.ac.uk/account/articles/16685071

作者:蒂姆·耶茨<蒂姆。耶茨在cruk.manchester.ac.uk >

维修工:克里斯Wirth <克里斯托弗。Wirth在cruk.manchester.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“annmap”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“annmap”)

PDF		annmap安装指令
PDF		annmap底漆
PDF		Annmap Cookbook
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,微阵列,OneChannel,ReportWriting,软件,转录,可视化
版本	1.41.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 2.15.0)、方法GenomicRanges
进口	DBI,RMySQL(0.6 > = 0),消化,Biobase、网格晶格,Rsamtools,genefilter,IRanges,BiocGenerics
链接
建议	RUnit,rjson,Gviz
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cruk-mi/annmap
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	annmap_1.41.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annmap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ annmap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/annmap/
包下载报告	下载数据