微生物

DOI:10.18129 / B9.bioc.animalcules

这是发展微生物的版本;稳定版请参见微生物．

交互式微生物组分析工具包

Bioconductor版本:开发(3.17)

animalcules是一个R包，用于使用最新的数据分析、可视化方法和机器学习模型，为用户提供一个易于使用的交互式微生物组分析框架。它可以作为一个独立的软件包使用，或者用户可以使用附带的交互式R Shiny应用程序来探索他们的数据。传统的微生物组分析，如α / β多样性和差异丰度分析得到了加强，而生物标志物鉴定等新方法则由微生物引入。由微生物生成的强大的交互式和动态图形使用户能够更好地理解他们的数据并发现新的见解。

作者:赵悦[aut, cre]，安东尼·费德里科[aut]——埃文·约翰逊[au]

维护者:赵玥

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("animalcules")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(微生物)

超文本标记语言	R脚本	微生物
PDF		参考手册

细节

biocViews	报道，宏基因组，微生物组，软件，可视化
版本	1.15.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	为了，闪亮的，shinyjs，DESeq2，脱字符号，情节，ggplot2，rentrez，reshape2，covr，猿，素食主义者，dplyr，magrittr，MultiAssayExperiment，SummarizedExperiment，S4Vectors(> = 0.23.19),XML，forcats，尺度，晶格，glmnet，tsne，plotROC，DT跑龙套,limma，方法，统计，宠物猫，biomformat，umap，矩阵，GUniFrac
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，usethis
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/compbiomed/animalcules
BugReports	https://github.com/compbiomed/animalcules/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	animalcules_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	animalcules_1.15.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	animalcules_1.15.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	animalcules_1.15.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/animalcules
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ animalculs
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/animalcules/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/animalcules/
软件包下载报告	下载数据