扩增器

doi:10.18129/b9.bioc.amplican

这是发展Amplican的版本;对于稳定版本,请参阅扩增器

CRISPR实验的自动分析

生物导体版本:开发(3.14)

``amplican'执行扩增子读取,使收集的数据归一化,计算多个统计数据(例如,降低率,移码),并以汇总报告的形式呈现结果。可以通过实验,条形码,用户定义的组,指南和扩增子来分解数据和统计信息,以便快速识别潜在问题。

作者:Kornel Labun [Aut],Eivind Valen [CPH,CRE]

维护者:eivind valen

引用(从r内,输入引用(“扩增器”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)#以下初始化了Bioc devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: Install(“ Amplican”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Amplican”)

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PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 结盟,,,,CRISPR,,,,免疫学,,,,软件,,,,技术,,,,qpcr
版本 1.15.0
在生物导体中 Bioc 3.6(R-3.4)(3.5岁)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.5.0),方法,生物基因(> = 0.22.0),生物弦(> = 2.44.2),Data.Table(> = 1.10.4-3)
进口 RCPP,utils(> = 3.4.1),S4VECTORS(> = 0.14.3),Shortread(> = 1.34.0),iranges(> = 2.10.2),基因组机(> = 1.28.4),GenomeInfodB(> = 1.12.2),生物比较(> = 1.10.1),gtable(> = 0.2.0),栅格(> = 2.2.1),GGPLOT2(> = 2.2.0),ggthemes(> = 3.4.0),胡扯(> = 0.7.0),Stringr(> = 1.2.0),Stats(> = 3.4.1),矩阵(> = 0.52.2),矩阵(> = 1.2-10),dplyr(> = 0.7.2),rmarkDown(> = 1.6),尼特(> = 1.16),集群(> = 1.2.7)
链接 RCPP
建议 测试,,,,生物使用,,,,基因组签名
系统要求
增强
URL https://github.com/valenlab/amplican
BugReports https://github.com/valenlab/amplican/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Amplican_1.15.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉) Amplican_1.15.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/扩增器
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/amplican/
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