airpart

DOI:10.18129 / B9.bioc.airpart

这是发展airpart版本;稳定的发布版本,请参阅airpart。

细胞类型特异的等位差不平衡

Bioconductor版本:发展(3.14)

Airpart识别组细胞类型特异的等位基因显示差不平衡跨细胞类型或状态,利用单细胞等位基因的数量。它利用广义融合套索的二项式的观察等位基因数划分细胞类型的等位基因不平衡。另外,非参数方法分区提供细胞类型。包包括一个可视化的数量和质量控制检查单细胞等位不平衡数据集的功能。

作者:Wancenμ(aut (cre)迈克尔·爱(aut,施莱)

维护人员:Wancenμ< Wancen live.unc.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“airpart”)

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HTML	R脚本	微分与airpart等位不平衡
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细节

biocViews	ATACSeq,CellBiology,ChIPSeq,聚类,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneRegulation,GraphAndNetwork,质量控制,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,转录,TranscriptomeVariant
版本	1.1.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0)
进口	SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors,嘘统计数据,蓝精灵,apeglm(> = 1.13.3),emdbook,mclust,线索,dynamicTreeCut,matrixStats,dplyr,plyr,ggplot2,ComplexHeatmap,forestplot,RColorBrewer,rlang,lpSolve、网格、grDevices图形,跑龙套,pbapply
链接
建议	knitr,rmarkdown,roxygen2(> = 0),testthat(> = 3.0.0),gplots
SystemRequirements
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包档案

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源包	airpart_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	airpart_1.1.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	airpart_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/airpart
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ airpart
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/airpart/
包下载报告	下载数据